Nei pressi della porta Mantovana, detta poi Torrelunga, ora piazza Arnaldo, nel Duecento è presente la Domus de Urceis degli Umiliati di Orzinuovi. Nel Trecento giungono qui i Benedettini del monastero extraurbano di S. Eufemia della fonte. Il 25 febbraio 1478 i monaci, dopo aver rinnovato l’edificio, ne traslano le reliquie di San Paterio (24° vescovo di Brescia del VII secolo), oggi sotto l’altare maggiore. Il tempio si presenta nelle attuali forme settecentesche. Nella prima cappella a sinistra la pala del Martirio di Sant’Afra (1580) di Paolo Caliari detto il Veronese, proveniente dalla chiesa di S. Angela Merici, che cede a questa chiesa la dedica ad Afra nel secondo dopoguerra. Notevole l’area del coro monastico dietro l’altare maggiore. Tra queste mura, il 29 maggio 1796, Napoleone Bonaparte emana il Manifesto di Brescia contro la Serenissima. Dal 1797 l’attiguo monastero è destinato ad usi militari.
