Nel 1519 i frati di San Girolamo giungono in questo luogo da Santa Maria delle grazie alla conchiglia, chiesa distrutta dalla spianata effettuata da Venezia nel 1516. Il 23 marzo 1522 il vescovo Paolo Zane pone la prima pietra della nuova chiesa, realizzata su disegno del clarense gerolamino fra Lodovico Barcella, e il 22 febbraio 1539 il vescovo suffraganeo di Trento Girolamo Vascherio consacra il tempio alla Natività di Maria. Nel frattempo, il 22 maggio 1526, giorno di Pentecoste, l’affresco della Natività custodito nell’attiguo santuario (antica chiesa degli Umiliati di Santa Maria di Palazzolo, ora in stile neogotico per l’intervento di Antonio Tagliaferri a partire dal 1876) manifesta il primo prodigio. Il 7 dicembre 1668 il complesso passa ai Gesuiti fino al 15 dicembre 1773. Il 30 maggio 1920 Giovanni Battista Montini (futuro Paolo VI) celebra qui la sua prima Messa.
