Il convento è fondato nel 1470 dalle Agostiniane, guidate da Timotea Caprioli, chiamate Berettine provenienti da San Giovanni della Beverara (Verona). Il 3 maggio 1479 Carlo Boselli, vicario generale del vescovo Paolo Zane, pone la prima pietra della chiesa. Soppresso nel 1797, il convento passa alle Salesiane presso le quali studia Paola di Rosa, fondatrice delle Ancelle della Carità, che attualmente lo posseggono.
Molte delle sue opere d’arte sono ora disperse, come la pala dell’altare maggiore, la Deposizione dipinta nel 1537 da Giovanni Gerolamo Savoldo, venduta nel 1875 al Kaiser Friedrich Museum di Berlino e poi distrutta durante la seconda guerra mondiale. Ancora visibile, al primo piano sul lato ovest della chiesa, il coro delle monache, con affreschi di Floriano Ferramola (1526).