Se della primitiva chiesa chiamata Concilium sanctorum (che vuol dire assemblea dei santi perchè voluta come luogo di custodia di molte reliquie) fondata da San Gaudenzio nel 400 non rimane nulla, causa distruzione operata dagli Unni di Attila nel 452, è nel 761 che i Longobardi titolano il nuovo tempio come S. Johannis de foris. Si susseguono ricostruzioni nel 1151 e nel 1440, fino all’ultimo grande intervento nel 1651 da parte del milanese Girolamo Quadri che ne conferisce l’aspetto attuale. Dal 1114 si avvicendano qui diverse comunità di canonici regolari, fino alla soppressione veneta del 1771.
Assolutamente da non perdere la cappella del Santissimo Sacramento nel transetto sinistro, un vero e proprio gioiello di arte rinascimentale: il 21 marzo 1521, la Confraternita del Santissimo Sacramento commissiona a Romanino (parete sinistra) e Moretto (parete destra) la decorazione di questo luogo di sublime contemplazione.