Non ci si aspetterebbe uno spazio così antico, dietro la facciata con la scenografica scalinata a doppia rampa del 1639, e così ampio, pur essendo a ridosso del colle Cidneo. La chiesa mantiene tracce della sua origine medievale: ancora visibili all’interno affreschi del Duecento e il campanile con le tre absidi romaniche. E’ la prima sede dei frati Francescani, a seguito della visita a Brescia dello stesso Francesco nel 1220. Dopo l’annessione di Sant’Agostino alla parrocchia nel 1736, ha qui sede la Compagnia di Santa Maria della misericordia con lo scopo di assistere i condannati a morte e i carcerati. Sul lato nord si possono scorgere le tre piccole camere nelle quali la Compagnia provvede alla sepoltura dei giustiziati.
Da questa chiesa, ora alla pinacoteca civica, proviene la splendida tavola della metà del Quattrocento rappresentante San Giorgio a cavallo che uccide il drago.