Non ci si aspetterebbe uno spazio così antico, dietro la facciata con la scenografica scalinata a doppia rampa del 1639, e così ampio, pur essendo a ridosso del colle Cidneo. La chiesa mantiene tracce della sua origine medievale: ancora visibili all’interno affreschi del Duecento e il campanile con le tre absidi romaniche. E’ la prima sede dei frati Francescani, a seguito della visita a Brescia dello stesso Francesco nel 1220. Nel 1580 il cardinale Giovanni Dolfin approva l’opera di Alessandro Luzzago, la Compagnia di Santa Maria della misericordia, che ha sede qui e ha lo scopo di assistere i condannati a morte e i carcerati. Sul lato nord si possono scorgere le tre piccole camere nelle quali la Compagnia provvede alla sepoltura dei giustiziati.
Da questa chiesa, ora alla pinacoteca civica, proviene la splendida tavola della metà del Quattrocento rappresentante San Giorgio a cavallo che uccide il drago.