Nel 1583, su impulso di Carlo Borromeo e Alessandro Luzzago, sorge la Casa di Dio quale ricovero dei mendicanti. Il cardinale milanese muore nel 1584 e viene canonizzato il 1 novembre 1610 da Paolo V (Camillo Borghese). Il 4 novembre 1616 questa chiesa, costruita accanto all’opera pia da lui patrocinata, viene consacrata e dedicata proprio a San Carlo. L’11 aprile 1617 il Consiglio generale della città invia una ambasceria a Milano al cardinale Federico Borromeo per ottenere una reliquia del cugino, reliquia che ancor oggi è custodita in questo tempio.
La splendida pala dell’altare maggiore, dipinta da Grazio Cossali nel 1616, rappresenta San Carlo Borromeo che indica la Madonna ai poveri alla presenza dei Santi Faustino e Giovita. L’organo a canne è in origine opera di Graziadio Antegnati del 1636.