Questo luogo di culto dedicato all’apostolo Barnaba viene costruito nel 1286 dal vescovo Berardo Maggi per ospitare gli Eremitani di S. Agostino. Il 13 maggio 1456 qui subentrano gli Agostiniani dell’Osservanza che, tra il 1632 e il 1659, operano importanti modifiche all’edificio sacro secondo canoni manieristico-barocchi, con il passaggio da tre ad una sola ampia navata. Gli Agostiniani il 31 maggio 1797 anticipano la soppressione del convento. Qui ha inizio nel 1821 l’opera di Ludovico Pavoni che l’8 dicembre 1847 costituisce la Congregazione religiosa dei Figli di Maria Immacolata (Pavoniani). Le spoglie di Ludovico Pavoni restano in questa chiesa fino al 1861. Tutti gli edifici addossati al lato nord della chiesa, compresa la cappella dedicata alla Madonna della cintola, con cupola e lanterna, vengono demoliti nel 1927 per ampliare corso Magenta. Nel 1927 la chiesa viene trasformata nel cinema teatro Duse che nel 1946 cambia il nome in cinema Aquiletta, fino alla chiusura nel 1979. Attualmente è auditorium. Il convento nel 1864 viene destinato a sede del Conservatorio Luca Marenzio. In esso rimane ancor oggi visibile ciò che resta della biblioteca conventuale degli Agostiniani, il salone affrescato nel 1490 da Giovanni Pietro da Cemmo.
Tra le opere d’arte non più contenute nella chiesa: il Polittico di San Nicola da Tolentino (1495) commissionato dai conti Secco d’Aragona a Vincenzo Civerchio, ora alla pinacoteca civica; l’Adorazione dei pastori (1540) commissionata da Bartolomeo Bargnani a Giovanni Gerolamo Savoldo, anch’essa alla pinacoteca; la Trinità con i santi Barnaba, Agostino e Monica di Pietro Muttoni della Vecchia, venduta nel 1877 a Santa Maria Annunciata di Borgosatollo.