Si ignora la data di fondazione, nei pressi della porta Gallia o Pedriola, del monastero delle Clarisse, che risulta però già attivo nel 1255, due anni dopo la morte di Chiara avvenuta a San Damiano l’11 agosto 1253. Il 20 luglio 1508 un fulmine colpisce il deposito di polvere da sparo del castello e l’esplosione danneggia il convento. Lazzaro Bracchi di Bornato lo ricostruisce nel 1668. E nel 1756 Ascanio Girelli termina il giardino con la scenografica scalinata. Benchè soppresso il 27 giugno 1797, le clarisse lo abbandonano nel 1804. Attualmente è sede universitaria. La chiesa conventuale è divenuta un teatro.
La pala dell’altare maggiore con l’Immacolata e i Santi Chiara, Francesco, Bonaventura, Agnese e Polissena, dipinta da Francesco Paglia nel 1660, è custodita a Milano nella Pinacoteca di Brera.