Nella storia di Brescia sono frequenti le epidemie e le pestilenze. Il 4 novembre 1427 si decide si destinare a Lazzaretto il monastero suburbano di San Bartolomeo, a nord, fuori dalla vecchia città. Nel 1469 il Consiglio Generale di Brescia decide di erigere a San Rocco, patrono degli ammalati ed appestati, una cappella votiva. Nel marzo 1577 scoppia nuovamente il contagio a Brescia, che all’inizio dell’inverno conta già circa ventimila morti. Si improvvisa un cimitero in Ponte Grotte (Crotte) lungo il fiume Mella. Il vescovo Domenico Bollani, ritiratosi a Collebeato, chiede aiuto all’arcivescovo di Milano Carlo Borromeo che il 22 agosto 1577 invia a Brescia i cappuccini Paolo Bellintani da Salò e Andrea da Bione per gestire la disperata situazione.
La chiesa di San Rocco è ricavata da una semplice casa medievale. Soppressa nel 1797, rimane tuttora di proprietà ecclesiastica e ad uso parrocchiale.